નવાઝુદ્દીન સિદ્દીકી પોતાની અંગત અને પ્રોફેશનલ જીવનને કારણે વારંવાર ચર્ચામાં રહે છે. કહેવાય છે કે, નવાઝુદ્દીનની માતા મેહરુનિસા સિદ્દીકીએ અભિનેતાની પત્ની ઝૈનબ વિરુદ્ધ FIR નોંધાવી છે અને મુંબઇની વર્સોવા પોલીસે તેને પૂછપરછ માટે બોલાવી છે. નવાઝુદ્દીનની માતા સાથે ઝૈનબનો વિવાદ હતો જે હવે પોલીસ સુધી પહોંચ્યો છે.
પોલીસે ઝૈનબ વિરુદ્ધ કલમ 452, 323, 504, 506 હેઠળ કેસ નોંધ્યો છે. નોંધનીય છે કે નવાઝુદ્દીન, નવાઝુદ્દીનની માતા મેહરુનિસા અને તેની પત્ની ઝૈનબ ઉર્ફે આલિયા વચ્ચે કેટલીક મિલકતને લઈને ઝઘડો થયો હતો.નવાઝુદ્દીન સિદ્દીકીએ બે લગ્ન કર્યા છે. તેણે અગાઉ તેની માતાની પસંદગીની છોકરી શીબા સાથે લગ્ન કર્યા હતા. મીડિયા રિપોર્ટ્સ અનુસાર નવાઝુદ્દીનને શીબા ખૂબ જ પસંદ હતી, પરંતુ તેના ભાઈની દખલગીરીને કારણે તેમના સંબંધોમાં તિરાડ પડી અને બંને એકબીજાથી અલગ થઈ ગયા. આ પછી નવાઝુદ્દીને 2010માં અંજલિ સાથે લવ મેરેજ કર્યા હતા. તેમને બે બાળકો છે. અભિનેતા સાથે લગ્ન કરવા માટે અંજલિએ પોતાનો ધર્મ અને નામ પણ બદલી નાખ્યું અને તેણે પોતાનું નામ ઝૈનબ રાખ્યું. જોકે, થોડા સમય બાદ તેણે પોતાનું નામ બદલીને આલિયા રાખી દીધું. કોરોના રોગચાળામાં લોકડાઉન દરમિયાન બંને વચ્ચે ઝઘડાના રીપોર્ટ પણ આવ્યા હતા.
બંનેએ એકબીજા પર ઘણા ગંભીર આરોપો પણ લગાવ્યા હતા. આલિયાએ નવાઝુદ્દીન પર બેવફાઈનો આરોપ લગાવ્યો હતો. આલિયાએ 2020માં નવાઝુદ્દીન સાથે છૂટાછેડાનું વિચાર્યું હતું અને તેના પર લગ્નેતર સંબંધો રાખવાનો આરોપ મૂક્યો હતો. આલિયાએ તેના પરિવાર પર મારપીટનો આરોપ પણ લગાવ્યો હતો. બંને વચ્ચેના સંબંધોમાં એટલો તણાવ હતો કે તે છૂટાછેડા સુધી પહોંચી ગયો હતો, પરંતુ થોડા દિવસો પછી તેમણે કહ્યું કે તેમની વચ્ચે બધું બરાબર છે